为构建全球植物数据库播下种子

準確的植物品種編目對植物學研究及教學至關重要。然而,實物編目的缺點在於大部分人無法輕易取得標本。雖然現時有不少電子資料庫可供搜尋標本,但2D圖像未能完全呈現種子的結構。

中大生命科學學院胡秀英植物標本館館長劉大偉博士帶領的團隊,建立了一個創新的3D植物果實種子資料庫來解決這個問題。它採用數碼攝影測量法對標本進行編目,即是為每顆種子拍攝不同角度的2D圖像,再用3D模型呈現植物標本果實及種子的真實立體結構、大小和顏色。用家可隨時隨地在資料庫上將種子模型360度旋轉及放大,觀察種子最細微的結構。數據庫用途廣泛,從植物鑑定到保育都大派用場。有關3D種子庫的建構過程及詳情已發表於科學期刊PLOS One

3D模型呈现种子的细微结构

刘博士表示﹕「这个项目展示了在植物研究中应用先进技术的可行性。即使种子标本的直径只有三毫米,用家也可轻松地将种子影像放大50至100倍,并从不同角度进行观察,犹如把实物放在​​手中。」

刘大伟博士于中大取得硕士及博士学位,专攻中药鉴定及药理学。他在国际著名植物学家胡秀英教授的鼓励下,投身植物分类学,特别是植物鉴定,并于2013年加入胡秀英植物标本馆。

这个采用数码摄影测量方法的3D虚拟数据库构思,源自刘博士在2017年的一趟韩国之旅。他到访其中一个旅游景点,内里放置了一个有逾百部相机的房间,从不同角度拍摄旅客,然后将影像制成3D模型。刘博士当刻惊觉3D科技如此普及,却未有广泛应用于植物学,驱使刘博士建立全球首个3D种子数据库。

「起初,我们几乎研究了所有的影像扫描方法,甚至买了一些现成仪器做试验。后来,我们又尝试以不同相机配搭不同镜头,最终找到一个最佳组合,可以用于拍摄由三毫米至30厘米不同尺寸实物的影像。这是我们这个数据库的独特之处,因为若使用其他技术,最小尺寸只能拍到三厘米的标本。」

用于拍摄植物及种子标本的数码摄影测量设备

刘博士及其研究团队,包括论文第一作者及中大胡秀英植物标本馆研究员王颢霖先生、教育经理王天行先生,以及研究员陈耀文先生及郑一心先生,花了两年时间建立数据库,目前已为300多种植物建立3D模型,其中200多种为香港本地原生植物。每个植物标本需时一日半至两天拍摄90至100张相片来建立3D影像。所有标本将永久保存于胡秀英植物标本馆,供全球学者使用。有需要时,他们亦可用于进行标本比对。

中大胡秀英植物标本馆研究团队成员﹕(左起)馆长刘大伟博士、论文第一作者及研究员王颢霖先生、教育经理王天行先生,以及研究员陈耀文先生等

刘博士说﹕「这个虚拟植物标本馆让公众、教师和学生等用家随时登入网站观看标本,而不用将实物带到他们眼前,这种做法不但可节省植物资源,更毋须费时收集多个样本用于教学。」

通过数码摄影测量重建的3D种子模型

刘博士认为,处理结构半透明、全透明、微细毛发状、刺状及很薄的标本是研究过程中最具挑战性的一环,因为这些结构有时难以用3D形态展示出来,团队正研究解决方法。

时间及金钱是另一挑战,因为采集、处理及扫描标本都需要大量人力。刘博士估计,日后若将本地近2,000种原生植物加入数据库,整个项目至少需时10年。

刘博士表示,「现时3D数据库涵盖的标本,有部分属于《中国药典》认可的重要药用物种,部分物种则有利于种植和重新造林,我们相信数据库将有助本地植物的鉴定。另外,我们已对外公布3D模型的建构过程,希望为有意建立3D数据库的海内外植物学专家及标本馆提供参考蓝本,一同为构建全球植物数据库出一分力。」

如欲观看数据库的3D模型,请登入此网站

原文刊于CUHK in Touch

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